皇民化時期
在日本統治時期，淡水中學和淡水女學院被納入推行皇民化運動的計畫。日本目的是通過教育將台灣人的思和精神「日本化」，並灌輸「日本精神」，進一步促使台灣人為日本軍國主義的擴張做出貢獻。1937年中日戰爭爆發後，學校進一步受到軍國主義影響，成為「國民精神總動員」和「產業報國運動」的一部分。日方接管後，立即改變學校的教學內容，並更換原有教師，採取軍事化管理。學生的服裝、儀態和作息都受到嚴格規範，並進行劍道、薙刀和弓道訓練，培養武士精神。學校也強化軍訓教育，學生除了練習槍械和打靶，還需參加長途武裝行軍和劈刺考試，旨在培養其戰鬥力，為日本軍國主義服務。
228事件時期
日本戰敗後，1945年11月20日臺灣長老教會北部大會組成董事會接管淡水中學、淡水高女和宮前女中，並將三校更名，林茂生博士擔任董事長兼三校校長，陳能通和陳清忠分別為淡水男、女校的教務主任。戰後臺灣社會動盪，學校運作在林校長的領導下逐漸穩定。然而，1947年發生的「二二八事件」波及淡水，學校師生受到牽連。3月10日，國軍進入淡水街，殺害不少民眾，淡中學生郭曉鐘遭軍人射殺。陳能通校長、黃阿統體育老師和理化老師盧園被軍方帶走，陳校長與黃老師被處決，盧老師傷重不治，董事長林茂生博士也在台北遇害。這一連串事件使得淡中師生遭受重大損失。
民國戰後
1949年至1955年間，淡江中學經歷了激烈的內部衝突。戰後初期，宣教師未歸，臺灣長老教會北部大會接管學校，由董事會主導經營。然而，這一變動未得到學校創辦人偕叡廉的接受，因為他主導的教士會經營模式與戰後的變化發生衝突。偕叡廉回台後，雙方協調困難，尤其在1949年他任命王守勇為校長後衝突加劇，董事會於7月20日解聘了校長和全體教職員，並向北部大會集體請辭。儘管北部大會重組董事會並重聘校長，紛爭仍未平息。1951年，偕叡廉以創辦人身份重組董事會並向教育廳備案。最終，1955年1月，加拿大總會議長馬禮安博士來台，將學校交由臺灣基督長老教會北部大會管理，並由純德女中校長陳泗治接管，結束了長達六年的爭端。
